Синтезатор DNA / РНК(Возьмем ДНК в качестве примера) Метод использования охватывает подготовку реагента, ввод последовательности, настройку параметров, проверку синтетических колонн, очистку трубопроводов, мониторинг процесса синтеза и обработку продуктов и многие другие аспекты, которые подробно описаны ниже:
Готовность реагента:
Тщательно проверяйте количество реагентов во всех бутылках на синтезаторе и, при необходимости, заменяйте их, уделяя особое внимание растворителям с большим количеством, таким как ацетонитрил.
Убедитесь, что группа реагентов и группа щелочных бутылок хорошо запечатаны и поддерживают определенное давление, чтобы предотвратить поступление внешнего воздуха, влияющего на синтетический эффект.
Последовательный ввод:
Последовательность ДНК, которая будет синтезирована, вводится в синтезатор, который может быть выполнен с помощью программного обеспечения для автоматизированного проектирования с учетом таких факторов, как предпочтения криптонов, вторичная структура и ограниченные участки ферментов.
Проверьте правильность выбранных шагов синтеза и убедитесь, что процесс синтеза выполняется в соответствии с заданным процессом.
Параметры:
Выбирая метод окончания, прибор обычно находится в исходном состоянии TritylOffAuto и преобразует очищенный олигонуклеотид в конечное состояние TritylOnAuto, если он предназначен для соединения с группой 5 '- DMT.
Под Username каждого монитора столбца введите желаемое имя для сохранения, чтобы облегчить последующее управление и отслеживание.
Код заменяет соответствующую последовательность ДНК для маркировки каждой бутылки, что облегчает идентификацию и классификацию.
Проверка синтетической колонны:
Выполните шаги StartColumn, чтобы проверить положение каждой колонны, чтобы убедиться, что синтетическая колонна на синтезаторе находится в правильном положении, избегая сбоя синтеза из - за отклонения положения.
Проверьте, заполнены ли остатки растворителя (бутылки с отходами), прикрепленные к синтезатору, чтобы предотвратить разлив жидкости из - за переполнения бутылки с отходами, что влияет на синтетическую среду.
Промывка трубопроводов:
Если раздельный коллектор используется для сбора потока на каждом этапе снятия защиты DMT, убедитесь, что пробирка полностью чиста, и включите раздельный коллектор, чтобы убедиться, что трубопровод DMT для отходов ведет к раздельному коллектору.
Запустите цикл, запустите программу для очистки трубопровода реагента, удалите оригинальный реагент и предотвратите помехи старого реагента новой синтетической реакции.
Мониторинг синтетических процессов:
В процессе синтеза общая проводимость катионов DMT, высвобождаемых в каждом цикле синтеза ДНК, может быть измерена с помощью токопроводящего проточного пула для мониторинга реакции синтеза.
Регулярно проверяйте рабочее состояние синтезатора, убедитесь, что параметры (например, температура, давление, время и т.д.) находятся в пределах нормы.
Синтезатор DNA / РНКЗавершение синтеза и обработка продуктов:
После завершения синтеза извлечение носителя для резки и снятия защиты обычно занимает не менее 2 часов для фрагментов ДНК в пределах 40 bp, и чем дольше цепь занимает больше времени.
Удаление коротких фрагментов и ионов соли с помощью соответствующих методов очистки (например, очистка OPC, очистка PAGE, опреснение, очистка HPLC и т.д.) повышает чистоту продукта.
После очистки ДНК секвенируется, чтобы убедиться, что ее последовательность соответствует ожиданиям.