Капиллярный электрофорез (CE) представляет собой технологию разделения жидкой фазы с высоковольтным полем постоянного тока в качестве движущей силы и капилляром в качестве канала разделения. Его основной принцип основан на различиях в скорости миграции заряженных частиц в электрическом поле для достижения эффективного разделения. В капиллярной системе электрофореза кварцевые капилляры с внутренним диаметром 20 - 200 мкм заполняются буфером, и заряженные частицы перемещаются под действием электрического поля при применении высокого давления 10 - 30 кВ, скорость миграции которых определяется как капотом электрофореза (коррелирующим с молекулярным зарядом, размером), так и электрическим просачиванием (EOF). Электроосмотический поток происходит от отрицательного заряда, создаваемого диссоциацией кремниевых гидроксильных радикалов на внутренней стенке капилляра, привлекая катионы в буфере для формирования двойного электрического слоя, который при высоком давлении толкает жидкость в целом к катоду со скоростью, которая обычно на порядок больше, чем капля электрофореза, и становится основной движущей силой разделения. Частицы с положительным электричеством вытекают первыми из - за того, что они перемещаются в одном направлении с электрическим просачиванием, за ними следуют нейтральные частицы, а частицы с отрицательным электричеством в конечном итоге вытекают, тем самым достигая разделения компонентов.