Библиотека Illumina Security готовит - Samplix Одноклеточный анализ

Моноклеточный анализ Illumina - Samplix - это многофункциональный и удобный для пользователя инструмент для подготовки живых млекопитающих или микробных клеток, клеточных механизмов, ДНК или других биологических материалов для анализа с высоким разрешением. Может быть реализована мономолекулярная, клеточная, клеточная, инкапсуляция наночастиц и разделение с высокой пропускной способностью. Пакеты ДНК позволяют просеивать большие и сложные генофонды со скоростью qian suo wei you.

Высококачественный генератор генов

Библиотека Illumina Security готовит - Samplix Одноклеточный анализ:: Высокопроизводительная одноклеточная, мономолекулярная, наночастицная эмульсионная капельная система инкапсуляции и сортировки

Вэй ИМожет быть реализована мономолекулярная, клеточная, клеточная, инкапсуляция наночастиц и разделение с высокой пропускной способностью. Пакеты ДНК позволяют просеивать большие и сложные генофонды со скоростью qian suo wei you.

XdropПодготовительный тип

Библиотека Illumina Security готовит - Samplix Одноклеточный анализЭто многофункциональный и удобный для пользователя инструмент для подготовки живых млекопитающих или микробных клеток, клеточных механизмов, ДНК или других биологических материалов для анализа вниз по течению с высоким разрешением.

Используя наш набор реагентов Xdrop, Xdrop безопасно и быстро инкапсулирует живые клетки, клеточные механизмы или фрагменты ДНК вместе с измеренными химическими веществами в высокостабильных объемных каплях биэмульсии кожи. Эти капли стабильны через перенос жидкости, вихри, инкубацию, проточную цитологию, сепарацию и даже долгосрочное хранение. Что еще более важно, клетки могут быть переработаны из капель для расширения.

Наряду с соответствующими аналитическими методами, приложения Xdrop включают:

1 Иммунные клетки человека, NK клетки

2 Ферменты микробных клеток

3 Клетки млекопитающих выделяют цитокины

4 Проверка редактирования генов, включая оценку случайной перегруппировки в мишени и промахе

С помощью Xdrop исследователям будет легче глубже понять клеточные функции и геномику человека, животных, растений и микроорганизмов. Xdrop также может генерировать одноэмульсионные капли для других рабочих процессов, включая инкапсуляцию ДНК для полного расширения генома без отклонений. Мы предоставляем полный набор реагентов, наборов и аксессуаров, необходимых для Xdrop. Кроме того, обучение пользователей является частью нашей стандартной службы установки Xdrop.

преимущество

1 Xdrop может инкапсулировать живые млекопитающие или микробные клетки в высокостабильные капли двойной эмульсии для функционального измерения, инкубации, поверхностного анализа и скрининга.

2 Xdrop помогает ответить на ключевые вопросы в исследованиях инженерных клеток и генной терапии.

3 Xdrop поддерживает рабочие процессы молекулярной инженерии, включая эволюцию ферментов и маршрутную инженерию.

4 Xdrop имеет удобный интерфейс и небольшую площадь, что позволяет каждой лаборатории молекулярной биологии использовать функцию микрожидкости *.

двухслойная эмульсионная коробка

Все реагенты содержатся в наборе, и каждая операция может содержать миллионы клеток или молекул.

Xdrop СортироватьПодготовить сортировку

Новые члены этого семейства Xdrop могут генерировать и сортировать капли двойной эмульсии в удобном для пользователя рабочем процессе без какого - либо опыта разделения клеток на основе флуоресценции.

Рабочий процесс начинается с захвата 100 кб фрагментов ДНК, мелких одноклеточных клеток или других биологических материалов из высокостабильных капель для таких измерений, как PCR и оценка активности ферментов. Затем капли сортируются в зависимости от флуоресценции содержимого капли, чтобы получить только интересующие образцы для анализа вниз по течению с высоким разрешением, например:

Проверка редактора CRISPR, который не скрывает непредвиденных перегруппировок PCR

Идентификация вирусов и генетически модифицированных сайтов

Оценка активности ферментов на одноклеточном уровне

Выполнение фильтра GFP с высоким потоком

Преимущества:

• Способность целенаправленно обогащать длинные фрагменты

• Высокая чувствительность - Монолекулярное обнаружение

Сохранение внутренней природы ДНК

Практически нет необходимости в априорных знаниях

Совместимость с PacBio, Nanopore и Illumina

• Легко настраивается с помощью автоматической микрожидкостной системы

• Сокращение времени работы с нескольких недель до нескольких дней

Применение:

• Структурные изменения

• Сложные образцы (например, биопсия рака)

· Трудно секвенированные области (например, богатые GC)

• Закрытие пробелов в геноме

• Генетическая фазировка / генотип / гаплоидная дифференциация

• Связывать гены устойчивости с хозяином

• Секвенирование районов с низкой плотностью залегания

• Повторяющиеся региональные оценки

• Образцы, содержащие только Nak DNA

Вспомогательные материалы

Картриджи DE50 - используются для упаковки клеток млекопитающих в капли двойной эмульсии

Производится высокостабильная ~ 100 литровых капель двойной эмульсии кожи для инкапсуляции клеток млекопитающих и преобразования больших клеток в одноклеточные тесты. Работа с Xdrop DE50 Cartridge включает секрецию цитокинов и определение клеточного поражения. Просто загрузите реагент и образец, положите набор в Xdrop и запустите программу.

Восемь образцов одновременно или по отдельности

В течение 8 минут каждый канал производит до 500 000 капель в инкубаторе CO 2.

Восстановление выбранной ячейки для расширения

Картриджи DE20 - используются для упаковки микробных клеток, клеточных механизмов или длинных фрагментов ДНК в капли двойной эмульсии

Используя независимую колонну Xdrop DE20, мы получаем очень стабильные 1,5 - литровые капли двойной эмульсии, которые инкапсулируют миллионы микробных клеток, клеточных механизмов или ДНК. Каждая капля служит в качестве отсека для определения одноклеточного разрешения или целевого обогащения ДНК. Просто загрузите реагент и образец, положите набор в Xdrop или Xdrop Sort и запустите программу.

Восемь образцов одновременно или по отдельности

За 45 минут каждый канал производит до 10 миллионов капель в инкубаторе CO2.

Восстановление выбранных ячеек для расширения рабочего процесса без загрязнения

Комплект DE20 - для выделения капель двойной эмульсии, содержащих ДНК или мелкие клетки

Используйте новый сортировочный ящик Xdrop DE20 для разделения капель двойной эмульсии, содержащих флуоресцентную ДНК или мелкие клетки. Эта удобная для пользователя система предназначена для работы с нашим новым прибором Xdrop Sort и не требует специальных знаний в области флуоресцентного сепаратора. Достаточно загрузить реагент и образец, поместить комплект в Xdrop Sort и запустить процедуру сортировки.

В то же время до 8 образцов ежедневно сортируют миллиарды капель, чтобы обеспечить безопасный рабочий процесс

Картриджи SE85 - используются для упаковки ДНК, РНК, клеточных или мелких клеток в капли моноэмульсии.

Используя автономный картридж Xdrop SE85, мы производим одноэмульсионные капли, которые инкапсулируют миллионы молекул, клеточных механизмов или клеток. Каждая капля выступает в качестве отсека для определения одномолекулярного или одноклеточного разрешения. Просто загрузите реагент и образец, положите набор в Xdrop или Xdrop Sort и запустите программу.

Восемь образцов одновременно или по отдельности

За 40 секунд каждая дорожка производит более 50 000 капель, чтобы обеспечить безопасный рабочий процесс.

приложение

Xdrop использует проприетарную микрожидкостную технологию для получения высокостабильных капель двойной эмульсии и моноэмульсии для упаковки биологических материалов.

Этот многофункциональный и удобный для пользователя прибор инкапсулирует компоненты жизни, такие как живые млекопитающие и микробные клетки, или длинные фрагменты ДНК, для ряда последующих целей, включая инкубацию, анализ, классификацию и молекулярно - спектральный анализ.

В основе Xdrop Sort лежит собственная технология микрожидкостей Xdrop, которая расширяет возможности флуоресцентного разделения капель двойной эмульсии на основе упакованных биологических материалов.

Ниже приведены некоторые примеры применения.

Функциональный анализ клеток:

• Иммунные клетки человека, NK клетки

• Ферментная секреция микробных клеток

• Клеточные секреции млекопитающих

Применение геномики:

• Структурные изменения

• Сложные образцы (например, биопсия рака)

· Трудно секвенированные области (например, богатые GC)

• Закрытие пробелов в геноме

• Генетическая фазировка / генотип / гаплоидная дифференциация

• Связывать гены устойчивости с хозяином

• Секвенирование районов с низкой плотностью залегания

• Повторяющиеся региональные оценки

• Образцы, содержащие только Nak DNA

Применение геномики растений:

• Обогащение определенных областей генома в разновидностях растений

• Раскрытие структуры биосинтетических генетических кластеров в сортах ячменя без ссылок на геномы

• Заполнение пробелов в структуре биосинтетических кластеров в сортах помидоров

Примеры применения:

1Точное расширение всего генома

Фактически, 99% целевого генома были покрыты секвенированным чтением библиотеки более одного раза.

Используя технологию Xdrop dMDA для расширения генов, можно точно увеличить все гены даже при вводе до 1 pg.

Генетическое определение Phasing

Ген CYP2D6 * 7 содержит один мононуклеотидный полиморфизм (SNP), в то время как CYP2D6 * 25A содержит 22 SNP.

Технология Xdrop позволяет точно определить все 23 варианта, включая Phasing (см. рисунок ниже).

Xdrop поддерживает приложения с помощью простой конструкции и захвата косвенных последовательностей длинных фрагментов ДНК (~ 100 кб). В сочетании с длинным секвенированием Xdrop преодолел трудности с генетической фазировкой в отдельных генетических гетерогенных образцах.

Высокая точность концентрации позволяет обнаруживать один или несколько SNP в аллелей и позволяет сборке с нуля решать структурные изменения.

Мониторинг сложных структурных изменений в генах

Подробный анализ показаний, пересекающих точку останова, показал наличие нескольких точек интеграции HPV18 в области на 8 - й хромосоме. Наборы данных PacBio, Oxford Nanopore и Illumina поддерживают идентифицированные точки интеграции.

Технология Xdrop - это новый метод целевого обогащения ДНК, который обладает уникальной способностью выбирать, обогащать и секвенировать естественные фрагменты ДНК. Это позволяет обогащать большие части генома (около 100 кб), включая неизвестные области. Использование Xdrop. Длинные фрагменты, генерируемые методом, не только подходят для длинной последовательности чтения, но также могут предоставить ценную контекстную информацию для короткой последовательности чтения.

Секвенирование неизвестных областей интереса (ROI)

Методы PCR и целевого обогащения ДНК на основе зондов требуют интенсивной оптимизации дизайна и полных знаний об интересующих областях (ROI). Эти традиционные методы также не дали результатов в представлении сложных геномных сред (например, повторяющихся областей, структурных вариаций, областей, богатых GC), а также неизвестных и перегруппированных областей. Чтобы преодолеть эти ограничения, Samplix разработала новый метод микрожидкости, который является рабочим процессом обогащения Xdrop, основанным на косвенном захвате последовательностей.

Xdrop может обогащать длинные (~ 100 кб) участки ДНК - мишени, которые должны быть спроектированы для одной пары экстрактов на последовательности обнаружения, соответствующей небольшой части ROI или фланговой области. Этот усилитель предназначен для обнаружения, отбора и обогащения полноразмерного ROI, который в конечном итоге захватывается и секвенируется.

Использование Xdrop. Способность технологий решать эти сложные области открывает двери для решения многих других сложных областей, которые могут представлять значительную часть генома. Сочетание обогащения Xdrop с методами секвенирования с длинным и коротким чтением обеспечивает высокое разрешение, необходимое для быстрого и экономичного решения сложных геномных сценариев в обход полного секвенирования генома.

Идентификация и подтверждение операций редактирования генов CRISPR

Благодаря простому дизайну и захвату косвенных последовательностей длинных фрагментов ДНК, Xdrop помогает идентифицировать места вставки ГМО, которые часто трудно найти и которые являются дорогостоящими.

Случайная интеграция в конструкцию и наличие последовательности генома хозяина усложняют идентификацию интегрированных участков. Xdrop упрощает проверку геномной инженерии.

Экспериментальный процесс

Смешанный DPCR реактив

Добавьте ДНК в реакционную смесь dPCR, содержащую целевую специфичность pri - mers.

2 Производство капель на таблетках

Реакция распределяется на чипе генератора капель для производства капель водяного пакета (DE).

Микроскопическая полимеразная цепная реакция с высоким разрешением

Капли проходят термический цикл и могут параллельно выполнять миллионы операций PCR - re. Обнаружив флуоресцентные капли, можно идентифицировать капли, несущие молекулы ДНК - мишени.

Подсчет и разделение капель

Тестирование и разделение выполняется с помощью устройства для разделения клеток (FACS), которое может собирать положительные капли PCR, содержащие молекулы ДНК - мишени

Расширение обогащенной ДНК

Богатые мономолекулы длинных фрагментов ДНК усиливаются с помощью многопозиционной амплификации капель (dMDA), чтобы обеспечить беспристрастную амплификацию ДНК и равномерное покрытие целевой области.

Справочная литература

1. Нарушение генов в эпителии легких мышей в масштабах всей популяции посредством передачи компонентов CRISPR-Cas9 через ААВ Хонглин Чен, Стефен Дуринк, Хеталь Патель и т.д.

Моль. Методы клиники. Dev. 2022. 27: 431–449; doi: 10.1016/j.omtm.2022.10.016.

2. Секвенирование нанопор, обогащенных целью, и сборка de novo показывают совместное возникновение сложных геномных перераспределений на цели, вызванных CRISPR-Cas9 в клетках человека Кеи Генг, Лара Г. Мерино, Линда Ведеман и т.д.

Геном Res. 2022. 32(10): 1876–1891; doi: 10.1101/gr.276901.122

3. Характеризация повторного расширения FMR1 и интрагенных вариантов посредством непрямого захвата последовательности Валентина Гроссо, Лука Марколонго, Симоне Маэстри и т.д.

Впереди. Дженет. 2021. 12: 743230; Дои: 10.3389/fgene.2021.743230

4. Создание и анализ инновационных геномически гуманизированных моделей мышей SOD1, TARDBP (TDP-43) и FUS Anny Devoy, Georgia Price, Francesca De Giorgio и т.д.

iScience. 2021. 24(12): 103463; Дои: 10.1016/j.isci.2021.103463

5. Делеции CRISPR/Cas9 вызывают неблагоприятное геномное воздействие на цель, приводящее к функциональной ДНК в клетках человека Кеи Генг, Лара Гарсия Мерино, Линда Ведеманн и др.

bioRxiv 2021.07.01.450727;

6. Alt-RPL36 регулирует сигнальный путь PI3K-AKT-mTOR путем взаимодействия с TMEM24 Xiongwen Cao, Alexandra Khitun, Yang Luo и т.д.

Nature Communications 12, 508, 2021. doi: 10.1038/s41467-020-20841-6

7. Реконструкция рождения мужской половой хромосомы, присутствующей в атлантической сельде Рафати Н, Чэнь Дж, Герпин А и т.д.

Proc Natl Acad Sci U.S.A. 29 сентября 2020 года; 117(39):24359-24368. Дои: 10.1073/pnas.2009925117. Epub 2020 16 сентября. PMID: 32938798.

8. Проверка редактирования CRISPR и поиска трансгенных вставок посредством захвата косвенной последовательности Xdrop, а затем последовательности короткого и длительного чтения Blondal Thorarinn, Gamba Cristina, Jagd Lea M? Иллер и т.д.

Методы. 2021 Июль; 191:68-77. Дои: 10.1016/j.ymeth.2021.02.003. Epub 2021 12 февраля. PMID: 33582298.

9. Xdrop: Целевое секвенирование длинных молекул ДНК из образцов с низким входом с помощью капельного сортирования Madsen EB, H? ijer I, Kvist T и т.д.

2020 сентябрь; 41(9):1671-1679. Дои: 10.1002/хуму.24063. Epub 2020 29 июня. PMID: 32516842; PMCID: PMC7496172.

10. Клеточный анализ целого генома на основе длительного чтения отдельных клеток человека Джоанна Х? rd, Джефф Е Молд, Jesper Eisfeldt и т.д.

2021bioRxiv 2021.04.13.439527;

11. Исправление к "Создание набора изогенных, генно отредактированных линий iPSC, гомозиготных для всех основных вариантов APOE, и линии нокаут-аута APOE Schmid B, Prehn KR, Nimsanor N и т.д.

Стволовые клетки Res. 2020 Sep 21; 48:102005. Дои: 10.1016/j.scr.2020.102005. Epub перед печаткой. Erratum for: Stem Cell Res. 2019 Jan; 34:101349. PMID: 32971461.

Клеточная терапия, клеточная терапия, клеточное убийство, иммунотерапия, киллерные клетки, клеточный иммунитет, клетки млекопитающих, микробиологические клетки, одноклеточные функции, секвенирование генов, клеточная геномика, секвенирование одноклеточных клеток, секвенирование Sanger, NGS, PCR, T7 Nuclear Nuclear Nacheraza 1 выявление и анализ дислокации, отслеживание вставки недостающего TIDE, ампликационный анализ (IDAA) обнаружение отсутствия вставки, секвенирование всего генома WGS, сравнение геномных гибридов CG Fiber-FISH、FISH、CRISPR/Cas

Лицензия производителя Samplix: