Методы поверхностного анализа, основанные на изображениях, такие как широко используемый анализ Cell Painting, изучают биологические, генетические и химические возмущения в клетках с использованием изображений с высоким содержанием и многопараметрических выходов. Этот все более популярный метод применяется от проектов обнаружения наркотиков до исследований геномного скрининга. В стандартном эксперименте Cell Painting различные клеточные механизмы и структуры (ядро, цитоплазма, митохондрии, тело Горького, эндоплазматическая сеть, клеточный скелет, клеточная РНК и ядро) были собраны в пяти каналах визуализации. Это широкое клеточное окрашивание позволяет отслеживать и количественно оценивать различные формы возмущений с одноклеточным разрешением. Ограничения опубликованного анализа Cell Painting включают узкую доступность подходящих красителей и достаточную способность спектрального разделения, обеспечиваемую системой визуализации. В частности, тело Горького и миозин визуализируются по одному и тому же каналу, что затрудняет разграничение этих двух структур в анализе изображений. Это ограничение может помешать выбору hit или скрыть эффект определенных соединений, особенно тех, которые имеют механизм действия, влияющий на организм Горького (биосинтетический путь) или клеточную скелетную сеть (MOA).