светКомпания запустила的MiSeq - это новый секвенатор, который объединяет масштабирование, секвенирование и анализ данных на одном приборе и может генерировать более 1 Гб данных за один запуск и занимает площадь всего 2 квадратных фута. Процессы и точность MiSeq делают его идеальной платформой для быстрого и экономичного генетического анализа, подходящего для широкого спектра применений. В то же время Illumina была закуплена FDA в больших количествах и скоро будет сертифицирована FDA, и в октябре 12 года поток секвенирования системы MiSeq был обновлен до примерно 8G. Обновление выполняется двумя способами: увеличение плотности cluster, увеличение плотности cluster до 15 - 17 million после обновления и увеличение количества читателей pair - end до 30 - 34 million; С другой стороны, поток увеличивается за счет длины чтения секвенирования, длина чтения секвенирования достигает 2 * 300bp, а скорость секвенирования также увеличивается. В настоящее время Broad Institute использует существующие реагенты для достижения однополюсного секвенирования длиной чтения 300bp, а Illumina в настоящее время завершает секвенирование pair - end 2 * 400bp. Все это делается с гарантией получения высококачественных данных.

Параметры производительности MiSeq

Время секвенирования и объем данных Illumina MiSeq

Сравнение чтения Illumina MiSeq

Рабочий процесс

Секвенатор Illumina второго поколенияMiSeq 4Большие характеристики

Более короткий экспериментальный цикл: для получения высококачественных результатов секвенирования более 100 м требуется 8 часов с момента подготовки образца.

Удобный процесс подготовки образцов: Требуется 50ngDNA шаблон, 2 часа автоматизации для завершения всей подготовки образцов.

Принцип секвенирования: MiSeq продолжает химический принцип секвенирования боковых синтетических краев платформ GA и HiSeq.

Полная интеграционная функция: MiSeq может самостоятельно генерировать кластеры, двухстороннее секвенирование и анализ данных, чтобы финансирование и лабораторное пространство больше не были препятствием для исследований NGS.

Секвенатор Illumina второго поколенияСфера применения MiSeq

1. Секвенирование транскрипционных групп

Платформа Paisenno MiSeq Security Platform представляет собой платформу для анализа транскрипционных групп геномных секвенированных видов. В настоящее время техническая команда компании завершила секвенирование и анализ транскрипционных групп различных растений и животных, включая зебру.

Макрогеном 16S rDNA, секвенирование одной V - области

Секвенирование с высоким потоком моноV - области (V3 \ \ V4) 16s rDNA для идентификации бактериальной и палеонтологической флоры. Техническая команда Parsenno использовала Illumina MiSeq для секвенирования 16S rDNA V4 и успешно идентифицировала бактерии кишечной среды цыплят в сочетании с Roche 454 FLX + 16S rDNA V1 ~ V3.

Секвенирование Small RNA

Длина чтения 1 * 35bp соответствует длине секвенирования небольшой РНК, быстрой и чувствительной. Техническая команда Paisenno в настоящее время завершила секвенирование малых РНК у гусей и секвенирование малых РНК у различных китайских трав.

Пересеквенирование: включает полное секвенирование генома, упрощенное секвенирование генома, экстенсивное секвенирование.

Illumina MiSeq идеально подходит для повторного секвенирования микробного генома, которое может быть выполнено в каждом запуске. 27 декабря 2011 года техническая команда Paisenno использовала MiSeq для одновременного секвенирования Lactobacillus casei Zhang и Lactobacillus casei P8 с геномным покрытием в 404 и 213 раз, соответственно, по сравнению с референтной последовательностью, которая обеспечивает полное покрытие генома, а также обнаруживает множество структурных вариаций, включая вставку, отсутствие и SNP - биты, и обнаруживает все плазмиды.

Представление данных

* Вышеприведенные описания продуктов и данные взяты из Illumina, только для справки, IlluminaВ зависимости от того.