Технические услуги Ribo - Seq

Технические услуги Ribo - Seq

Технический принцип

Белки являются основными носителями жизнедеятельности, а регулирование перевода является важным способом регулирования в клетках. Перевод - это процесс, в котором рибосомы читают шаблоны мРНК для руководства синтезом белков и являются ключевыми шагами в экспрессии генов. Процесс перевода строго регулируется, и многие заболевания связаны с аномалиями перевода, такими как нейродегенеративные заболевания, анемия и расстройства развития. Несмотря на то, что структура и функции рибосом изучены более тщательно, механизм регулирования процесса перевода требует дальнейшего изучения.

Секвенирование рибосомных отпечатков (Ribosome profiling)рибо-сек) Способность детально проверять состояние перевода в организме.рибо-секТехническим ядром является идентификация мРНК, связанных с рибосомами, и около 30 нуклеотидов, которые в настоящее время переводятся. Секвенирование фрагментов мРНК, связывающих рибосомы, позволяет точно записывать местоположение рибосом в процессе перевода. Перезаписать группу ирибо-секСовместный анализ данных позволяет рассчитать скорость синтеза белков.

Технические характеристики

рибо-секСпособность выявлять время, место и место синтеза белков, какие белки синтезируются, а также механизмы регулирования синтеза белков.рибо-секПостроен мост между транскриптомией и протеомикой, который широко используется в исследованиях животных, растений и микроорганизмов, чтобы выявить механизмы регулирования роста и развития, формализации, возникновения заболеваний и стрессовых реакций.

Направление применения

рибо-секПрименяется для изучения переводческой активности транскриптов, определения исходных точек перевода, местоположения ORF и механизмов контроля перевода белков.

рибо-секТехнология широко используется в исследованиях на животных, растениях и микроорганизмах, чтобы выявить механизмы регулирования роста и развития, формализации, возникновения заболеваний и принудительных реакций на невзгоды. В общем,рибо-секМожет обнаруживать переводы белков с уровня генома, получать информацию о переводимых последовательностях мРНК и анализировать механизмы регулирования перевода.

Преимущества Blue View

Экспериментальный цикл быстрый, высокое качество, результаты стабильны и надежны.

Богатый видовой опыт.

Технические услуги Ribo - SeqЭкспериментальный процесс

Содержание анализа

Стандартный анализ письма

(1) Оценка качества фильтрации и секвенирования исходных данных

(2) Сравнение удаления рибосомных РНК, tRNA, sRNA и т.д.

(3) Reads Статистика распределения длины и фильтрация длины

(4) Сравнение эталонных геномов

(5) Анализ насыщенности секвенирования

(6) Статистика распределения и классификация RF в геноме

(7) Трищелочной ритмический анализ

(8) Генетическая статистика перевода и анализ экспрессии

(9) Анализ выборочных отношений

(10) Генетический анализ межгруппового перевода

11) Анализ функционального обогащения GO и KEGG дифференциального перевода генов

рибо-секСовместный анализ с RNA - seq

(1) Расчет эффективности перевода

(2) Анализ корреляции Ribo - seq и RNA - seq

(3) Анализ корреляции между эффективностью перевода и уровнем транскрипции

Аналитический процесс

Экспериментальные случаи

Требования к отправке образцов

(1) Образцы клеток: рекомендуемая подача образцов 5×106 - 1×107.

(2) Образцы тканей животных: рекомендуется отправить образец в объеме 300 мг.

(3) Образцы тканей растений: рекомендуемая подача проб ≥500 мг.

Группирование выборки

По крайней мере 2 группы образцов, включая контрольную и экспериментальную группы, количество образцов рекомендуется: 3 Vs 3.

Список литературы

БрарГА,ВайсманаДж.С. Профилирование рибосом показывает, что, когда, где и как происходит синтез белков. Nat Rev Mol Cell Biol. 2015. 16(11):651-664.

ЧонгC, Coukos G, Bassani-Sternberg M. Идентификация опухолевых антигенов с помощью иммунопептидомики. Нат Биотехнол. 2022. 40(2):175-188.

ФреминBJ, Nicolaou C, Bhatt AS. Одновременное рибосомное профилирование сотен микробов из микробиома человека. Нат Проток. 2021. 16(10):4676-4691.

ИнголииNT, Brar GA, Rouskin S, McGeachy AM, Weissman JS. Стратегия профилирования рибосом для мониторинга трансляции in vivo посредством глубокого секвенирования защищенных рибосомами фрагментов мРНК. Нат Проток. 2012. 7(8):1534-1550.

ИнголииNT, Ghaemmaghami S, Newman JR, Weissman JS. Общегеномный анализ in vivo трансляции с нуклеотидным разрешением с использованием рибосомного профилирования. Наука. 2009. 324(5924):218-223.

ДжунтавонгP, Girke T, Bazin J, Bailey-Serres J. Трансляционная динамика, обнаруженная всегеномным профилированием рибосомных следов в арабидопсе. Proc Natl Acad Sci U.S.A. 2014. 111(1):E203-212.

СойерEB, Cortes T. Профилирование рибосом улучшает понимание микобактериальной трансляции. Передний микробиолог. 2022. 13:976550.

Xiang Y, Huang W, Tan L, Chen T, He Y, Irving PS, Weeks KM, Zhang QC, Dong X. Распространенные нижнепоточные РНК-хвилки динамически диктуют выбор стартового кодона. Природа. 2023. 621(7978):423-430.

Xu G, Greene GH, Yoo H, Liu L, Marqués J, Motley J, Dong X. Глобальное трансляционное перепрограммирование является фундаментальным слоем иммунной регуляции в растениях. Природа. 2017. 545(7655):487-490.